한국독립교회·선교단체연합회(한독선연·송용필 연합회장)는 1997년 교회와 신학교, 그리고 선교 단체들이 특정 교단에 속하지 않고 독자적으로 활동하고자 만든 연합 기관이다. 한독선연은 짧은 시간 빠르게 성장했지만, 내부 실정은 턱없이 부실했다. 결국 총무로 재직하던 남양우 목사의 공금 횡령 혐의와 무자격자 안수 의혹이 불거져 갈등을 겪었다.

한독선연은 문제를 바로잡기 위해 남양우 총무를 퇴출하고, 구조적인 변화에 힘써 왔다. 목사 안수 제도를 강화하고, 권력의 핵심으로 전권을 휘둘렀던 총무직을 없앴다. 그러나 지도부 책임론에는 회피로 일관했다. 지금도 남양우 총무와 같이 일했던 실행위원들이 그대로 있어, 인적 쇄신 요구가 끊임없이 제기되고 있다.

인적 쇄신에 소극적이던 한독선연이 이번엔 칼을 빼 들었다. 한독선연은 5월 29일 기자간담회를 열었다. 5월 15일 소속 회원 목사 17명의 회원 자격을 취소하고, 회원 교회 5곳에 대해 회원 자격을 정지했다고 밝혔다. 회원 목사들이 한독선연의 명예와 위신을 실추시키고, 장기간 회비를 미납하여 회원의 의무를 다하지 않았기 때문이다.

회원 자격이 취소된 목사들은 4월 20일 연세중앙교회에서 열린 목사 안수식에서 미인가 신학교인 국제사이버신학대학원(국제사이버신대원·김호식 총장)과 이단성 논란이 있는 예일신학대학원대학교(예일신대·조준환 총장) 졸업생들에게 목사 안수를 줬다. 목사 안수식은 '국제신학 및 교회협의회'(ISACC·김호식 회장)라는 단체가 주최했고, 한독선연에서 퇴출당한 남양우 목사가 주도했다.

한독선연은 회원 목사들이 국제사이버신대원과 예일신대 졸업생들에게 목사 안수를 주었다며 이들의 명단을 공개하고 강하게 비난했다. 먼저, 국제사이버신대원에 대해 이름만 학교일 뿐, 합법적인 학교가 아니라고 했다. 실제 2012년 10월 서울중앙지방법원은 국제사이버신대원이 고등교육법을 위반했다고 판결했고, 설립자 남양우 목사에게 징역 6개월, 집행유예 2년을 선고했다. 국제사이버신대원은 2011년 12월 남양우 목사와 함께 퇴출당했다.

한독선연은 국제사이버신대원 운영자들에게 하루라도 빨리 학교 운영을 폐지하고 다시 정상적인 절차에 따라 신학교로서의 조건을 갖추라고 권고했다. 남양우 전 총무에게는 법원이 국제신대가 미인가 신학교임을 판결했으므로 비록 항소 중이라 할지라도 안수를 줄 수 없다며 비난했다.

예일신대는 이단성 논란으로 2012년 1월 퇴출당했다. 예일신대는 90년대 기성교단에서 이단으로 규정한 '레마선교회'의 이명범 씨가 설립한 학교로, 지금은 그의 아들 조준환 목사가 총장으로 있다. 조준환 목사는 2007년 한독선연에 가입했으나, 돈을 주고 가입했다는 의혹과 이단성 문제가 불거져 회원 자격이 정지됐다.

한독선연은 ISACC에 대해서도 강도 높게 비판했다. ISACC가 국제사이버신대원과 자매기관이고, 이단성이 있는 예일신대 졸업생에게 목사 안수를 했기 때문이다. 한독선연은 ISACC가 신학적 검증 없이 목사 안수를 하여 이단 사상이 한국 교계에 침투할 수 있도록 발판의 역할을 하고 있다며, 자진 해체할 것을 권고했다.

남양우 전 총무의 비리 파문 이후 제도적인 정비를 하기 위해 인적 쇄신 요구에 방어적이었다고 한독선연은 말했다. 그러나 이제부터는 그 누구라도 이단, 사이비 사상을 전파하거나 옹호하는 자들이 있다면 단호히 거부할 것이며, 복음주의 신학 사상을 따를 것이라고 선언했다.