이대위는 <기독교신문>과 <로앤처치>가 이단 홍보성 기사와 광고를 몇 번 실었는지 조사했다. 조사한 결과 "<기독교신문>은 지난 2008년부터 2011년까지 이단 홍보성 기사와 광고를 총 240번 실었다"고 말했다. 구체적으로 살피면 이재록 목사 관련 133건, 박윤식 목사 관련 27건, 류광수 목사 관련 64건, 변승우 목사 관련 16건, 기타 11건이 게재됐다. <로앤처치>에 대해서는 "이단을 옹호하거나 교단 인사를 비난하는 기사를 2011년 총 23번 보도했다"고 보고했다.

이대위는 "<기독교신문>과 <로앤처치>는 이단 옹호 언론이므로 예장통합 소속 목회자는 기고·구독·광고·후원하지 말아야 한다"고 결론지었다. 특히 "<로앤처치> 황규학 대표는 교단 결의에 반하는 행동을 하고, 성추행으로 벌금을 낸 사람"이라며 "황 목사가 관여하는 어떤 언론이든 교류해서는 안 된다"고 주장했다.

임원회는 이대위 보고는 받았으나, 이대위가 요청한 '구독이나 후원 금지' 조치보다 완화된 결정을 내렸다. 지난 9월 7일 열린 회의에서 "<기독교신문> 최규창 편집국장과 황규학 대표가 제출한 사과문을 받고, 앞으로 1년 동안 예의 주시한다"고 결의했다.

이대위 관계자는 "임원회가 이대위 보고서를 받았기 때문에 <기독교신문>·<로앤처치>를 이단 옹호 언론으로 규정한 것"이라고 봤지만, <기독교신문>·<로앤처치> 측은 해석을 달리했다. 황규학 대표는 "이단 옹호 언론인지 1년간 더 연구하기로 했다"고 주장했다. 최규창 편집국장은 "임원회가 이단 옹호 언론 규정을 해제했다고 안다"고 했다. 사과문에 대해서도 의견이 엇갈렸다. 황 대표는 "박위근 전 총회장 개인에게 사과했을 뿐 다른 부분은 사과하지 않았다"고 했고, 최 편집국장은 "사과문을 낸 적이 없다"고 했다.

총회 마지막 날이 된 9월 20일에는 중요한 안건이 집중적으로 다뤄졌다. 하지만 민감한 사항인 헌법 개정과 특별 재심 청구를 논의할 때는 전체 인원 1500명의 절반에도 미치지 못하는 출석률을 보였다. 폐회 전 마지막으로 확인한 재석 인원은 고작 401명. 그럼에도 "일단 개회된 이후에는 재석 수가 회의에 영향을 미치지 않는다"는 헌법위원장 해석에 따라 회의를 계속했다. 총회에서 못 다한 안건 처리는 임원회에 넘겼다.